これはよくあるご質問です。

借入金を返済せずにいれば、その分預貯金等が残ります。一方、借入金を返済すれば、その返済分だけ預貯金が減少します

つまり、財産と債務の両方を一定金額だけ減少させるか、もしくは、一定金額を残すかの違いで財産から債務を差し引いた残りに変わりありません。

したがって、相続税の評価も変わりません。問題は借入金を何に運用したかが問題で、その運用先によって評価が下がるかどうかにかかります。例えば建物の建築に充てられていますと、借入金という債務に比べ建物の評価が下がり効果を有します。

あらためて運用先でない預貯金と借入金との関係ではプラスマイナスゼロで両者の関係に差はないことになります。

別途、フローの面でみますと借入金と預貯金の金利の差額だけ経済的にロスしますので、資金に余裕があるのであれば、借入金を返済してしまう方が得策です。

ではどの程度返済すれば良いかといいますと、預貯金を大半返済に充ててしまえば、何か急な支払いが発生したときに困ることになりますし、借入金を返済せずにおけば、無駄に金利を支払うことになります。

それぞれのお家によって異なるでしょうが、今後の出費（子供の結婚、家の建て替え、相続税の納税資金等）や老後の資金にさらに不慮の必要資金を加味したうえで、残すべき預貯金の額を決め、それを上回る預貯金について返済に回すのが妥当な考え方ではないかと思われます。

以上。